Tophat2使用
WebTopHat的安装与使用 1 13,625 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上，从而鉴定可变剪切（exon-exon splice junctions）。 安装 最简单的安装方法，注意版本 下载Bowtie、TopHat、Cufflinks的二进制发布包，解压到相同的目录 下载samtools，make，将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH … WebTopHat was designed to work with reads produced by the Illumina Genome Analyzer, although users have been successful in using TopHat with reads from other technologies. In TopHat 1.1.0, we began supporting Applied Biosystems' Colorspace format. The software is optimized for reads 75bp or longer.
Tophat2使用
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Web9. okt 2014 · Tophat2能够产生insertions.bed, delections.bed, 而Tophat1没有这个功能。 Tophat2最大的修改是能够兼容bowtie2，它能使用bwotie2来配对reads数据。 Web转录组比对软件tophat的使用. 为什么要用这个软件？. ：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat. 它做了什么？. ：tophat把测 …
Web20. feb 2024 · TopHat2是一个多步骤比对的程序，如果基因组的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到转录组上。 这就大大提高了比对的准确性，还可以避免序列匹配到假 … Web26. dec 2024 · 1.序列比对 序列比对用到tophat2软件，使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后，会直接生成bam文件，生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本，从而避免了使用其他软件时生成的sam文件要转化成bam文件才能作为cufflinks的输入文件 代码如下 tophat -p 20 -o tophat_out …
Web16. nov 2024 · 用conda安装bwa、samtools和tophat2. bwa. $ conda install bwa. samtools. $ conda install samtools. tophat2. 安装. wget … Web9. jún 2015 · bowtie2index是一个文件夹，用来存放索引文件，方便日后查看和使用； 注意：程序运行完后genome.fa文件要放在bowtie2index索引目录中，tophat2软件才能正确运行。 4、reads mapping到参考基因组——tophat2软件：基于bowtie2
Web24. sep 2015 · TopHat2 的安装 安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 加入 PATH 即可 $ export PATH= /home/maque/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH 测试 $ tophat2 应该就看到各种信息，包括版本，基本用法 …
Web14. jan 2024 · 相对速度快并且占用内存小的TopHat在RNA-Seq中常常用于跨内含子比对，这里我们来关注一下TopHat2，TopHat2的安装是依赖Bowtie2的 (当然Bowtie1也是可行 … grin optical olathe ksWeb找到tophat文件，并使用 vi tophat 命令进入编辑器，按i进入编辑模式，使用键盘上下左右键定位到第一行，将第一行的 #!/usr/bin/env python 替换成刚刚创建的python2环境的路径，比如我的是 /home/twocanis/miniconda3/envs/python27 ，按Esc后 :wq 保存退出 此时运行tophat2 成功~ 另外一些小问题： 如果按照上述装完在最后一步出现 可以先配置完环境后 … grinord laracheWeb1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok，suse上执行的时候报找不到samtools，但是 … grin opticsWeb进入hisat2-2.0.5文件夹： 这里面的绿色文件都是可执行文件，所以只需要把目录添加到环境变量中即可： vim进入编辑bashrc文件，在文本中输入红色方框内的内容，保存退出，然后source ~/.bashrc 即可 此时我们就可以直接调用hisat2命令了。 2、建立索引： 如同tophat一样，比对之前需要利用bowtie建立index，hisat2同样需要建立索引： 首先提取gtf文件中 … grin organizationWeb9. jún 2015 · 原文转自： RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程. (2015-06-09 17:21:42) 1、测序数据质量控制：fastqc软件. 1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc … fight in bankstownWeb27. dec 2024 · TopHat2 是一个多步骤比对的程序，如果基因 组 的注释文件存在的话，那么它会先将Read比对到 转录 组 上。 这就大大提高... 使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据 weixin_30480651的博客 480 未经本人授权禁止转载。 1 安装 bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有 问题 ，可用zypper 安装 所需包 2 … fight in avalanche gameWeb27. dec 2024 · csdn已为您找到关于tophat2相关内容，包含tophat2相关文档代码介绍、相关教程视频课程，以及相关tophat2问答内容。为您解决当下相关问题，如果想了解更详细tophat2内容，请点击详情链接进行了解，或者注册账号与客服人员联系给您提供相关内容的帮助，以下是为您准备的相关内容。 grin oral care facebook